Cytoscape
生物网络可视化与分析的开源桌面平台，有丰富插件生态。
领域：分子网络与基因调控 · 计算方法与研究规范 相关专题：生物分子网络与拓扑特征、结果呈现与研究前沿、网络分析流程与 NetworkX 实践
| 适合的研究问题 | 导入 STRING 等数据库的 PPI 网络，进行布局、样式映射、聚类和富集分析，制作分子网络图。 |
|---|---|
| 数据类型 | Java 桌面软件，App Store 提供 stringApp、clusterMaker2、CytoHubba 等插件。 |
| 获取方式 | 官网下载安装包；R（RCy3）与 Python（py4cytoscape）可远程控制。 |
| 访问限制与许可 | LGPL-2.1（以官网说明为准）。 |
| 相关工具与格式 | stringApp、RCy3、py4cytoscape、SIF/GraphML/CX |
| 引用要求 | Shannon P, et al. Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Res 2003. DOI: 10.1101/gr.1239303。 |