生物医学网络科学Biomedical Network Science
Symptom Networks & Network PsychiatrySymptom networks and network psychiatry

症状网络与网络精神病学

把症状视为相互作用的网络节点,估计偏相关、Ising 与时间序列网络,并检验中心性、稳定性与组间差异。

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网络精神病学症状网络高斯图模型偏相关EBICglassoIsing 模型混合图模型可预测性强度中心性预期影响桥中心性共病bootstrapCS 系数

脑连接组与动态脑网络中的节点是脑区,边来自影像信号。症状网络的节点换成了症状:失眠、情绪低落、疲乏、注意力差……边是症状之间的统计关联。这个看似简单的转换背后,是对“精神疾病是什么”的一种不同理解,被称为网络精神病学(network psychiatry)或网络心理测量学(network psychometrics)。Borsboom 等(2021, Nature Reviews Methods Primers)对这一方法体系做了系统综述:从多元数据中估计变量之间的条件依赖网络,再对网络结构做描述、比较和推断。

本专题按“理论—估计—推断—动态与干预—争议”组织:

方法部分用到脑连接组中介绍过的偏相关与精度矩阵、社团结构与社区发现中的社团划分、网络构建与统计验证中的 bootstrap 与置换检验,以及网络可控性与稳定性中的网络控制理论。真实研究中,症状网络通常用 R 语言的 qgraph、bootnet、IsingFit、mgm、mlVAR、psychonetrics、NetworkComparisonTest 等包或图形界面软件 JASP 估计;本专题的代码示例用 numpy 从零实现其中的核心算法(EBICglasso、Ising 逐节点回归、桥中心性、NCT 置换、多被试 VAR、网络干预分析、可预测性),以便看清原理。

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01共同原因模型与网络理论共同原因模型 传统的精神病学和心理测量学大多隐含一个共同原因模型(common cause model):存在一个潜在的疾病实体(如“抑郁症”),它导致了失眠、情绪低落、疲乏等症状…02偏相关与高斯图模型为什么不用相关网络 如果直接用相关系数构网,“失眠–注意力差”可能很强,但这可能完全来自它们共同与“疲乏”相关。相关网络会把间接关联也画成边,因而又密又难以解释。我们需要的是控制其…03正则化估计:EBICglasso9 个症状(如 PHQ-9 抑郁量表)需要估计 个偏相关;37 个条目的组合量表需要 666 个。样本量有限时,样本偏相关会产生大量小而非零的虚假边。标准做法是图形 LASSO(g…04Ising 模型与二值症状数据很多症状数据本来就是二值的:诊断访谈中的症状“有/无”、DSM 条目是否达到临床阈值。此时 GGM 的正态假设明显不成立。二值数据的对应模型是来自统计物理的 Ising 模型。 I…05混合图模型与可预测性混合图模型(MGM) 临床数据常同时包含连续变量(如量表总分、生理指标)、类别变量(性别、诊断、治疗分组)和计数变量(发作次数)。Haslbeck & Waldorp(2020, …06横断面统计依赖与因果作用症状网络研究中最常见的混淆,是把估计出来的统计依赖读成症状之间的因果作用。网络理论的主张是因果性的(症状相互引起、相互维持),但常用的数据和方法只能提供以下几层不同强度的证据,应分…07症状中心性及其解释常用指标 在加权症状网络中,网络结构指标中的中心性有对应的加权版本: - 强度(strength): ,即与节点相连的边权绝对值之和; - 预期影响(expected influe…08桥中心性与共病共病的网络解释 精神障碍之间共病率很高,抑郁与焦虑尤甚。共同原因模型的解释是两个潜在疾病相关;网络模型的解释是两组症状通过若干桥症状直接相连:一组症状被激活后,经由桥症状扩散到另一…09抽样不确定性:边权准确性与中心性稳定性症状网络通常基于几百人的样本,估计不确定性很大。Epskamp, Borsboom & Fried(2018, Behavior Research Methods)提出了一套检验流…10样本量与估计方法的选择“需要多少人才能估计一个症状网络”没有统一答案:它取决于节点数 、真实网络的稀疏程度与边权大小、数据类型(连续、有序、二值)以及研究目标。这里只总结有文献支持的原则。 参数数量与功…11网络比较与跨样本复现网络比较检验(NCT) 比较两组(如男性与女性、不同诊断组、两个国家的样本)时,可用网络比较检验(network comparison test, NCT;van Borkulo …12个体动态网络:经验取样与时间序列为了接近“个体体内的症状相互作用”,研究者使用经验取样法(experience sampling method, ESM;也称生态瞬时评估,EMA):让被试在数周内每天多次用手机报…13面板数据网络:CLPN 与 panel-GVARESM 需要密集测量,成本高、条目少。很多队列研究只有 2–5 次随访(如间隔数月或一年),但每次测量了完整量表。这类面板数据也可以估计有向的滞后网络。 横截滞后面板网络(CLPN…14网络干预分析“中心症状是否为好的干预靶点”最终需要干预数据来回答。网络干预分析(network intervention analysis, NIA)由 Blanken 等(2019, Psy…15临床应用与争议网络方法在十余年间迅速扩散,Robinaugh 等(2020, Psychological Medicine)对 2008–2018 年的文献做了系统回顾,并提出未来议程;Frie…16症状网络的模块控制Pan 等(2024)把网络可控性理论用于症状网络(Pan 2024)。思路是:症状网络中多个量表条目往往形成症状模块,以往研究多关注单个节点之间的关系(中心性、桥中心性),而较少…17数学推导与算法本节从多元正态分布出发推导“偏相关为 0 ⇔ 条件独立”,写出图形 LASSO 与 EBIC 的完整形式,给出 Ising 伪似然估计、病例删除 bootstrap 与 CS 系数…18研究前沿与开放问题1. 群体网络能否推广到个体? Fisher, Medaglia & Jeronimus(2018, PNAS,DOI: 10.1073/pnas.1711978115)显示个体间…19生物医学应用症状网络方法已扩展到精神医学之外。慢性疼痛研究中,疼痛强度、睡眠、疲乏、抑郁情绪、灾难化思维之间的网络被用于理解“疼痛–失眠–情绪”的恶性循环;在癌症患者的症状群研究中,护理学领域…20适用范围与常见误用1. 误区:症状网络的边表示一个症状导致另一个症状。→ 正解:截面偏相关网络的边表示条件关联,方向和因果需要纵向、实验或干预证据;还可能是对撞偏倚造成的。 2. 误区:网络里没有边…

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症状网络:当症状彼此影响4 分 11 秒
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大家好,在脑网络里节点是脑区,这一期节点换成了症状。失眠、情绪低落、疲乏、注意力差,它们之间的关联也能构成一张网络。这背后其实是对精神疾病是什么的一种全新理解。这一期我们讲理论、讲方法,最后也会介绍一项具体研究。

传统的观点是共同原因模型,一个潜在的疾病导致了所有症状。网络观点则认为,症状之间存在直接的相互作用,彼此维持。比如失眠导致疲乏,疲乏导致注意力差,注意力差又加重自我否定。有研究在三千多名抑郁症患者中发现了一千多种不同的症状组合。这种异质性提示,把所有人归入同一个潜在实体,可能丢掉了大量信息。

这是一个模拟的抑郁症状网络,9个节点对应抑郁量表的9个条目。如果直接用相关系数连边,间接关联也会被画成边,网络又密又乱。所以我们用偏相关,也就是控制其他所有症状之后,两个症状还剩下的关联。偏相关可以从协方差矩阵的逆矩阵直接算出来。边越粗表示关联越强,右边的条形图是每个症状的强度中心性。强度就是与这个症状相连的所有边权绝对值之和。强度高的症状,与其他症状的条件关联最强,但这还不是因果上的重要性。

偏相关为零,意味着给定其余症状后,两个症状条件独立。但样本有限时,样本偏相关会出现许多小而非零的虚假边。常用的做法是图形套索,用惩罚项把弱边压缩为零。惩罚强度通常用扩展贝叶斯信息准则来选择,这就是常说的EBICglasso。要注意,被压缩为零的边,不一定真的不存在,可能只是样本不够。

早期研究常把最中心的症状解释为最佳治疗靶点,这个推论要非常小心。截面数据描述的是人与人之间的关联,不等于某个人体内的因果过程。两个条目内容几乎相同,也会彼此抬高中心性。所以一定要用自助法检验边权的置信区间和中心性的稳定性系数。

症状网络往往只基于几百个被试,估计的不确定性很大。第一步,对被试有放回地重抽样,得到每条边权的置信区间。第二步,逐步删掉一部分被试,看中心性排序还能不能保持。能删掉的最大比例叫稳定性系数,建议至少0.25,最好超过0.5。比较两组人的网络时,可以用置换组标签的网络比较检验。

最后介绍一项研究,它把网络控制理论用到了症状网络上。我们分析了两千七百多名大学新生的抑郁、焦虑、失眠和压力量表。网络划分出6个症状模块,我们在模块尺度上计算模块之间的控制强度。结果发现,非情绪模块对情绪模块的控制强度最高,情绪模块更容易被控制。控制作用最强的几个条目,来自失眠量表和压力量表。当然,这是基于截面数据的结构分析,还需要纵向和干预研究来检验。

第一,症状网络把疾病看作症状相互作用形成的稳定状态。第二,网络通常用正则化偏相关估计,而不是简单的相关。第三,中心性只是统计描述,不能直接当作治疗靶点。第四,任何症状网络研究都应报告边权和中心性的稳定性。建议在代码示例里亲手比较相关和偏相关,真实分析可以用R语言或JASP完成。

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10 个完整可运行的 Python 示例,每个都给出代码、输出图和解读;可在浏览器中直接运行,或下载 Jupyter Notebook · Python 脚本。

Papers论文精读

References核心文献

Borsboom 2017:A network theory of mental disorders

  • 背景:网络方法在精神病理学中迅速流行,但缺少一个系统的理论表述。
  • 核心发现:该文(World Psychiatry,DOI: 10.1002/wps.20375)系统阐述了网络理论:症状之间存在直接因果关系;强连接的症状网络可能具有替代稳定态和滞后效应;外部因素通过“外场”作用于特定症状。文后附有多位学者的评论,代表了支持与批评的不同立场。
  • 阅读提示:一定要读评论部分,体会该理论在概念上的争议(例如症状是否能被清楚地界定为独立的“节点”)。早期的综述可读 Borsboom & Cramer 2013(精读)。
  • 思考题:如果网络理论正确,治疗应该怎样设计?如果共同原因模型正确,治疗又应怎样设计?二者的预测在什么实验中会出现分歧?

Borsboom 等 2021:Network analysis of multivariate data in psychological science

  • 背景:网络方法从精神病理学扩展到人格、态度、认知等领域,需要一份系统的方法学综述。
  • 核心内容:该文(Nature Reviews Methods Primers,DOI: 10.1038/s43586-021-00055-w)覆盖数据类型与研究设计、截面网络(GGM、Ising、混合图模型)与时间序列网络的估计、中心性与可预测性、稳定性与可重复性、报告与数据共享、方法局限与发展方向。
  • 阅读提示:可作为本专题估计方法部分的总纲;对照本专题各知识页面,看每一种估计方法对应的数据假设。

Epskamp & Fried 2018:A tutorial on regularized partial correlation networks

  • 背景:EBICglasso 被广泛使用,但许多使用者不清楚正则化的假设和后果。
  • 核心内容:该文(Psychological Methods,DOI: 10.1037/met0000167)系统讲解偏相关网络、glasso 与 EBIC 选择、有序数据的处理,并用模拟说明不同样本量下的估计表现与常见误读。
  • 阅读提示:对照正则化估计与样本量与估计方法的选择阅读。

Epskamp, Borsboom & Fried 2018:Estimating psychological networks and their accuracy: A tutorial paper

  • 背景:大量症状网络研究只报告一个网络图和中心性排序,缺少对估计不确定性的检验。
  • 核心发现:该文(Behavior Research Methods,DOI: 10.3758/s13428-017-0862-1)提出了边权 bootstrap 置信区间、病例删除 bootstrap 与 CS 系数、差异检验等一整套方法,实现于 R 包 bootnet,并用一个 PTSD 数据集完整演示。
  • 阅读提示:对照抽样不确定性:边权准确性与中心性稳定性,把文中每一张图与它要回答的问题对应起来;注意作者对 CS 系数阈值的表述是经验性的建议。
  • 思考题:如果一项研究的强度中心性 CS 系数为 0.13,作者却在讨论部分大篇幅解释“最中心症状”的临床意义,你作为审稿人会提出什么意见?
  • 精读:Epskamp 2018

Bringmann 等 2019:What do centrality measures measure in psychological networks?

  • 背景:中心性指标来自社会网络和信息流动研究,被直接搬到症状网络中。
  • 核心发现:该文(Journal of Abnormal Psychology,DOI: 10.1037/abn0000446)分析了中心性指标背后的假设,指出接近中心性和介数中心性的假设在症状网络中难以满足,强度的解释也需谨慎,并用实证数据展示了这些指标的不稳定性。
  • 阅读提示:结合网络结构指标与随机图中中心性的定义,思考“流动”的假设在社交网络、脑网络和症状网络中各自是否成立。
  • 思考题:你能否设计一个中心性指标,使其假设与症状网络的生成机制相匹配?它需要什么样的数据?

Epskamp, Waldorp, Mõttus & Borsboom 2018:The Gaussian graphical model in cross-sectional and time-series data

  • 背景:ESM 数据同时含有个体内与个体间变异,单一网络无法区分。
  • 核心内容:该文(Multivariate Behavioral Research,DOI: 10.1080/00273171.2018.1454823)把 GGM 推广到时间序列,提出时间网络、同期网络与个体间网络三者的区分,并给出多被试的估计方法(mlVAR)。
  • 阅读提示:对照个体动态网络与代码中的模拟,理解三种网络为什么可能符号不同。

其他方法文献

主题 文献
Ising 模型估计 van Borkulo 等 2014,Scientific Reports,10.1038/srep05918
Ising 与 IRT Marsman 等 2018,Multivariate Behavioral Research,10.1080/00273171.2017.1379379
混合图模型 Haslbeck & Waldorp 2020,Journal of Statistical Software,10.18637/jss.v093.i08
可预测性 Haslbeck & Waldorp 2018,Behavior Research Methods,10.3758/s13428-017-0910-x
调节网络模型 Haslbeck, Borsboom & Waldorp 2021,Multivariate Behavioral Research,10.1080/00273171.2019.1677207
桥中心性 Jones, Ma & McNally 2021,Multivariate Behavioral Research,10.1080/00273171.2019.1614898
预期影响 Robinaugh, Millner & McNally 2016,J Abnorm Psychol,10.1037/abn0000181
网络比较检验 van Borkulo 等 2023,Psychological Methods,10.1037/met0000476
稀疏假设的风险 Epskamp, Kruis & Marsman 2017,PLOS ONE,10.1371/journal.pone.0179891
估计方法选择 Isvoranu & Epskamp 2023,Psychological Methods,10.1037/met0000439
报告规范 Burger 等 2023,Psychological Methods,10.1037/met0000471
广义网络心理测量 Epskamp, Rhemtulla & Borsboom 2017,Psychometrika,10.1007/s11336-017-9557-x
多层 VAR Bringmann 等 2013,PLOS ONE,10.1371/journal.pone.0060188
个体化网络 Epskamp, van Borkulo 等 2018,Clinical Psychological Science,10.1177/2167702617744325;Fisher 等 2017,J Abnorm Psychol,10.1037/abn0000311
面板数据网络 Epskamp 2020,Psychometrika,10.1007/s11336-020-09697-3;Wysocki 等 2025,advances.in/psychology,10.56296/aip00037;Hamaker, Kuiper & Grasman 2015,Psychological Methods,10.1037/a0038889
网络干预分析 Blanken 等 2019,Psychotherapy and Psychosomatics,10.1159/000495045
中心性与因果 Dablander & Hinne 2019,Scientific Reports,10.1038/s41598-019-43033-9;Spiller 等 2020,BMC Medicine,10.1186/s12916-020-01740-5
可重复性争论 Forbes 等 2017,10.1037/abn0000276;Borsboom 等 2017,10.1037/abn0000306;Forbes 等 2017 答复,10.1037/abn0000313(均为 J Abnorm Psychol);Forbes 等 2021,Multivariate Behavioral Research,10.1080/00273171.2019.1616526;Fried 等 2018,Clinical Psychological Science,10.1177/2167702617745092
理论与综述 Cramer 等 2010,Behav Brain Sci,10.1017/S0140525X09991567;Cramer 等 2016,PLOS ONE,10.1371/journal.pone.0167490;Fried & Nesse 2015,J Affect Disord,10.1016/j.jad.2014.10.010;Fried & Cramer 2017,Perspect Psychol Sci,10.1177/1745691617705892;Robinaugh 等 2020,Psychol Med,10.1017/S0033291719003404;Haslbeck 等 2021,Psychological Methods,10.1037/met0000303

Data & tools相关数据与软件

Further延伸资源

类型 资源 说明
视频 朱政:症状网络的概述和应用(B 站) 中文讲座,70 分钟,理论与临床应用概述;上传者非讲者本人
视频 R 语言 bootnet 心理学网络分析(B 站) 中文,16 分钟,照着 Epskamp 2018 教程逐步操作
综述 Borsboom 等 2021,doi.org/10.1038/s43586-021-00055-w 心理科学中多元数据网络分析的方法学总览
理论 Borsboom 2017,doi.org/10.1002/wps.20375 网络理论的纲领性文章,附多篇评论
方法 Epskamp, Borsboom & Fried 2018,doi.org/10.3758/s13428-017-0862-1 稳定性分析教程(CC BY 4.0),撰写方法部分时的主要参考
方法 Epskamp & Fried 2018,doi.org/10.1037/met0000167 正则化偏相关网络(EBICglasso)教程
方法 Burger 等 2023,doi.org/10.1037/met0000471 截面心理网络分析的报告标准
批评 Bringmann 等 2019,doi.org/10.1037/abn0000446 中心性指标适用性的代表性批评
网站 psych-networks.com Eiko Fried 维护的博客,含心理网络方法的教程、争论与新文献介绍(中心性解读、正则化后的 bootstrap、个体化方法等)
软件 JASP;R 包 bootnet、qgraph、networktools JASP 的 Network 模块无需写代码;R 包分别负责估计与稳定性、绘图、桥中心性与条目重叠检查
软件 R 包 IsingFit、mgm、mlVAR、graphicalVAR、psychonetrics、NetworkComparisonTest 分别对应 Ising 模型、混合图模型与可预测性、多层 VAR、单被试 GVAR、panel-GVAR 与潜变量网络、网络比较检验
数据 NHANES 2021–2023 PHQ-9(DPQ_L) 6337 名成人的 PHQ-9 九个条目,公开下载,可用于构建抑郁症状网络

Open questions开放问题

  1. 选择一种你熟悉的疾病(可以是精神疾病,也可以是慢性病,如糖尿病、慢性疼痛、帕金森病的非运动症状),列出 8–12 个可测量的症状或指标。用网络视角提出一个可检验的假说,并说明你需要什么样的数据(截面、ESM、面板还是干预)来检验它,以及应选择 GGM、Ising 还是混合图模型。
  2. Pan 等(2024)的模块控制研究发现非情绪模块(如睡眠、压力相关条目)对情绪模块有更强的控制作用。如果要把这一发现推进到临床应用,你认为下一步应做什么研究?请说明研究设计(例如能否用网络干预分析检验)、主要结局指标以及可能的混杂因素。
  3. 一项研究用两次随访的横截滞后网络发现“失眠预测后续情绪低落,而不是相反”。在接受这一结论之前,你还需要看到哪些证据或敏感性分析?
  4. 两组样本的 NCT 结果是全局强度显著不同,但网络结构不变性检验不显著。这种组合可能在什么情况下出现?应如何解读?