人类疾病网络
The human disease network
Goh K-I, Cusick ME, Valle D, Childs B, Vidal M, Barabási A-L
用 OMIM 疾病–基因关联构建疾病网络，发现疾病共享遗传根源、按类别聚集，多数遗传病基因位于网络外围。
Network Medicine & Pharmacology
网络医学与药物网络
相互作用组、疾病模块、网络邻近度与分离度、药物–靶点–疾病网络、网络药物重定位与外部验证。
Topics专题
疾病模块、网络邻近度与药物重定位
Disease modules, network proximity and drug repurposing
在相互作用组上定义疾病模块，用度匹配零模型量化疾病分离度与药物邻近度，并经外部验证用于药物重定位
Interactive交互可视化
Code代码示例
疾病基因是否聚成模块（最大连通分支 + 度匹配随机基线）疾病模块、网络邻近度与药物重定位
药物–疾病网络邻近度（最近距离 d_c + 度匹配 z 分数）疾病模块、网络邻近度与药物重定位
两个疾病模块的网络分离度 s_AB疾病模块、网络邻近度与药物重定位
DIAMOnD 疾病模块扩展（连接显著性 + 逐步加入）疾病模块、网络邻近度与药物重定位
网络传播——带重启随机游走（RWR）与热扩散的参数、度偏倚与去偏疾病模块、网络邻近度与药物重定位
药物组合的网络构型（两药分离度 + 各自与疾病模块的邻近度）疾病模块、网络邻近度与药物重定位
链路预测——共同邻居、资源分配与长度为 3 的路径（L3）疾病模块、网络邻近度与药物重定位Papers论文精读
网络医学：基于网络理解人类疾病
Network medicine: a network-based approach to human disease
Barabási A-L, Gulbahce N, Loscalzo J
纲领性综述：疾病很少源于单个基因，而是细胞分子网络的扰动；系统梳理网络医学的核心假设、疾病基因预测方法与疾病间关系网络。
借助不完整的相互作用组揭示疾病之间的关系
Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome
Menche J, Sharma A, Kitsak M, Ghiassian SD, Vidal M, Loscalzo J, et al.
给出不完整互作组中疾病模块可被观测的条件，提出网络分离度，用以预测疾病间的生物与临床相似性。
基于网络的药物疗效计算机筛选
Network-based in silico drug efficacy screening
Guney E, Menche J, Vidal M, Barabási A-L
提出校正度偏倚的药物–疾病网络邻近度，发现有效药物的靶点更靠近疾病基因。
癌症维持基因作为治疗靶点
Cancer-keeper genes as therapeutic targets
Zhang X, Pan C, Wei X, Yu M, Liu S, An J, et al.
提出在所有控制方案中都处于控制路径中间的控制枢纽，用作癌症维持基因，并在膀胱癌细胞和小鼠模型中检验部分候选。
Data & tools数据与软件
数据库UK Biobank英国大型前瞻性人群队列，含遗传、健康记录与多模态脑影像。数据集NHANES（美国国家健康与营养调查）美国 CDC 的全国代表性健康调查，含 PHQ-9 等公开量表数据。数据库STRING整合实验、数据库、共表达与文本挖掘证据的蛋白功能关联网络。数据集HuRI（人类参考蛋白互作组）系统酵母双杂交筛选得到的人类二元蛋白互作图谱。数据库GTEx（基因型–组织表达项目）人体多组织基因表达与表达数量性状位点（eQTL）资源。数据库TCGA / NCI Genomic Data Commons（GDC）NCI 的癌症基因组数据共享平台，收录 TCGA 等项目数据。数据库Reactome人工整理、同行评审的开放通路知识库。数据库KEGG京都基因与基因组百科全书，含通路图、直系同源与药物疾病信息。数据库MSigDB（分子特征数据库）用于基因集富集分析（GSEA）的人和小鼠基因集合库。数据库DrugBank药物、靶点、作用机制与药物相互作用的综合知识库。数据库ChEMBLEMBL-EBI 人工整理的类药小分子生物活性数据库。数据库DISGENET整合基因–疾病与变异–疾病关联的知识平台。交互网站Open Targets Platform汇总多来源证据的靶点–疾病关联与药物信息平台。数据集Hetionet整合 29 个数据库的药物–基因–疾病异质知识网络。数据集CMap / LINCS L1000大规模药物与基因扰动后细胞转录谱资源。