生物医学网络科学Biomedical Network Science
Biomedical Network Science · 在线手册

从网络结构
到生物医学系统

复杂网络的理论、动力学与控制,以及脑网络、症状网络、分子网络和网络医学中的研究方法:数据怎样得到、网络怎样构建、算法怎样使用、结果怎样解释、结论有哪些证据支持。

网络基础理论网络动力学与控制脑网络与连接组症状网络与网络精神病学分子网络与基因调控网络医学与药物网络计算方法与研究规范
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Domains

知识领域

七个相互关联的领域,从网络的数学表示到网络医学。

From data to conclusions

每个生物医学领域的完整知识链

脑网络、症状网络、分子网络与网络医学的专题都沿着同一条链展开。

01数据怎样得到影像、量表、表达谱、相互作用数据库,以及各自的偏倚。
02网络怎样构建节点与边的定义、连接估计、阈值与加权。→
03算法怎样使用拓扑指标、社团、动力学、可控性与推断算法。
04结果怎样解释零模型、置换检验、稳定性与敏感性分析。
05证据是否充分相关与因果、外部验证、可复现与报告规范。→
Interactive

交互式科学可视化

改变参数,观察网络结构与动力学怎样随之变化;每个可视化都嵌在相应的知识页面中,也可以导出图片与参数。

进入可视化实验室 →

Code gallery

计算方法与代码库

每个算法都有完整、可运行的 Python 示例,附输出图与解读。

浏览全部代码示例 →

Literature

文献知识库

按科学主题组织的论文精读:研究问题、设计、方法、结论、证据与局限。

经典脑网络与连接组网络基础理论Nature Reviews Neuroscience · 2009

复杂脑网络:结构与功能系统的图论分析

Complex brain networks: graph theoretical analysis of structural and functional systems
Bullmore E, Sporns O

系统梳理用图论分析脑结构与功能网络的流程与发现,总结小世界、枢纽、模块化等跨尺度、跨模态反复出现的特征。

经典网络动力学与控制▶ 视频Nature · 2011

复杂网络的可控性

Controllability of complex networks
Liu Y-Y, Slotine J-J, Barabási A-L

把结构可控性转化为最大匹配,算出最少驱动节点数,发现其主要由度分布决定,且驱动节点倾向于避开枢纽。

经典网络医学与药物网络分子网络与基因调控▶ 视频Science · 2015

借助不完整的相互作用组揭示疾病之间的关系

Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome
Menche J, Sharma A, Kitsak M, Ghiassian SD, Vidal M, Loscalzo J, et al.

给出不完整互作组中疾病模块可被观测的条件,提出网络分离度,用以预测疾病间的生物与临床相似性。

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Reference

数据、软件与术语