随机网络中标度律的涌现
Emergence of scaling in random networks
Barabási A-L, Albert R
报告多个真实网络的度分布尾部近似幂律，并提出“增长 + 优先连接”模型，用平均场方法推出指数 γ=3。
相关专题：小世界与无标度网络模型 生物分子网络与拓扑特征
Molecular & Gene Regulatory Networks
分子网络与基因调控
蛋白质相互作用、转录调控与共表达网络，网络基序、WGCNA、网络推断方法与功能分析。
Topics专题
生物分子网络与拓扑特征
Biomolecular networks and their topology
蛋白相互作用、转录调控、代谢与信号网络的数据来源、拓扑、枢纽与必需性、复合物、网络基序、差异网络与多组学整合
基因调控网络推断与共表达分析
Gene network inference and co-expression
从表达数据推断基因网络：共表达与 WGCNA、偏相关、互信息、回归、贝叶斯网络与动力学模型，以及推断结果的评估与局限
Interactive交互可视化
Code代码示例
Papers论文精读
蛋白质网络中的致死性与中心性
Lethality and centrality in protein networks
Jeong H, Mason SP, Barabási A-L, Oltvai ZN
在酵母蛋白质相互作用网络中发现度分布重尾，且度越高的蛋白敲除后越可能致死，提出“致死性–中心性”关系。
网络基序：复杂网络的简单构件
Network motifs: simple building blocks of complex networks
Milo R, Shen-Orr S, Itzkovitz S, Kashtan N, Chklovskii D, Alon U
把“在真实网络中出现次数显著多于随机网络的小子图”定义为网络基序，发现不同领域的网络各有特征性基序。
大肠杆菌转录调控网络中的网络基序
Network motifs in the transcriptional regulation network of Escherichia coli
Shen-Orr SS, Milo R, Mangan S, Alon U
在大肠杆菌转录调控网络中发现前馈环、单输入模块、密集重叠调控子三类富集基序。
酵母蛋白质相互作用网络中动态组织的模块性证据
Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein–protein interaction network
Han J-DJ, Bertin N, Hao T, Goldberg DS, Berriz GF, Zhang LV, et al.
结合共表达把酵母互作组枢纽分为 party hub 与 date hub，提出动态组织的模块性。
加权基因共表达网络分析的一般框架
A general framework for weighted gene co-expression network analysis
Zhang B, Horvath S
提出用“软阈值”把基因间相关转为连续连接权重，构建加权共表达网络，并把连接度、拓扑重叠、聚集系数推广到加权情形。
人类疾病网络
The human disease network
Goh K-I, Cusick ME, Valle D, Childs B, Vidal M, Barabási A-L
用 OMIM 疾病–基因关联构建疾病网络，发现疾病共享遗传根源、按类别聚集，多数遗传病基因位于网络外围。
网络医学：基于网络理解人类疾病
Network medicine: a network-based approach to human disease
Barabási A-L, Gulbahce N, Loscalzo J
纲领性综述：疾病很少源于单个基因，而是细胞分子网络的扰动；系统梳理网络医学的核心假设、疾病基因预测方法与疾病间关系网络。
群体智慧实现稳健的基因调控网络推断
Wisdom of crowds for robust gene network inference
Marbach D, Costello JC, Küffner R, Vega NM, Prill RJ, Camacho DM, et al.; DREAM5 Consortium
DREAM5 挑战对 35 种网络推断方法做盲评，发现没有单一方法始终最优，而整合多种方法的“社区网络”最稳健。
借助不完整的相互作用组揭示疾病之间的关系
Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome
Menche J, Sharma A, Kitsak M, Ghiassian SD, Vidal M, Loscalzo J, et al.
给出不完整互作组中疾病模块可被观测的条件，提出网络分离度，用以预测疾病间的生物与临床相似性。
基于网络的药物疗效计算机筛选
Network-based in silico drug efficacy screening
Guney E, Menche J, Vidal M, Barabási A-L
提出校正度偏倚的药物–疾病网络邻近度，发现有效药物的靶点更靠近疾病基因。
癌症维持基因作为治疗靶点
Cancer-keeper genes as therapeutic targets
Zhang X, Pan C, Wei X, Yu M, Liu S, An J, et al.
提出在所有控制方案中都处于控制路径中间的控制枢纽，用作癌症维持基因，并在膀胱癌细胞和小鼠模型中检验部分候选。
共同接收者中的突触组织预测输入神经元之间的连接
Synaptic organization in shared receivers predicts connectivity between input neurons
Zhang X
在两个成年果蝇连接组中，相连输入源的突触在共同接收神经元上靠得更近，这种空间信息可帮助预测未见过的输入神经元之间的连接。
Data & tools数据与软件
数据库STRING整合实验、数据库、共表达与文本挖掘证据的蛋白功能关联网络。数据库BioGRID人工整理的蛋白、遗传与化学相互作用数据库。数据库IntActEMBL-EBI 维护、按 IMEx 标准整理的分子相互作用数据库。数据集HuRI（人类参考蛋白互作组）系统酵母双杂交筛选得到的人类二元蛋白互作图谱。数据库TRRUST v2文献挖掘加人工整理的人与小鼠转录调控关系数据库。数据库CollecTRI / DoRothEASaez 实验室整理的带符号转录因子调控子集合，用于推断 TF 活性。数据库GTEx（基因型–组织表达项目）人体多组织基因表达与表达数量性状位点（eQTL）资源。数据库NCBI GEO（基因表达综合数据库）NCBI 的公共功能基因组数据仓库，收录芯片与测序表达数据。数据库TCGA / NCI Genomic Data Commons（GDC）NCI 的癌症基因组数据共享平台，收录 TCGA 等项目数据。软件/工具包WGCNA加权基因共表达网络分析的 R 包。软件/工具包GENIE3 / arboreto基于树模型从表达数据推断基因调控网络的方法及其可扩展实现。软件/工具包SCENIC / pySCENIC从单细胞转录组推断调控子并评估其活性的分析流程。数据库Reactome人工整理、同行评审的开放通路知识库。数据库KEGG京都基因与基因组百科全书，含通路图、直系同源与药物疾病信息。数据库Gene Ontology（GO）描述基因功能的标准本体及注释资源。数据库MSigDB（分子特征数据库）用于基因集富集分析（GSEA）的人和小鼠基因集合库。交互网站Open Targets Platform汇总多来源证据的靶点–疾病关联与药物信息平台。数据集Hetionet整合 29 个数据库的药物–基因–疾病异质知识网络。数据集CMap / LINCS L1000大规模药物与基因扰动后细胞转录谱资源。软件/工具包Cytoscape生物网络可视化与分析的开源桌面平台，有丰富插件生态。软件/工具包PyTorch Geometric（PyG）基于 PyTorch 的图神经网络库。