生物医学网络科学Biomedical Network Science

KEGG

京都基因与基因组百科全书,含通路图、直系同源与药物疾病信息。

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领域:分子网络与基因调控 · 网络医学与药物网络 相关专题:生物分子网络与拓扑特征、疾病模块、网络邻近度与药物重定位

适合的研究问题

对基因集合做代谢与信号通路富集;把网络模块映射到 KEGG 通路图上解释功能。

数据类型

人工绘制的通路图(KEGG PATHWAY)、KO 直系同源系统、基因组、化合物、药物与疾病等数据库。

获取方式

网页浏览;KEGG REST API;FTP 批量下载需订阅。

访问限制与许可

学术用户可免费使用网站;FTP 批量数据须订阅,用于提供服务的学术用户需取得服务提供者许可;非学术用户须获得商业许可。官方声明 KEGG 不是公共数据库,详见 https://www.kegg.jp/kegg/legal.html 。

相关工具与格式

clusterProfiler、KEGGREST、Pathview

引用要求

Kanehisa M, et al. KEGG for characterizing genomes and pathways in the biosphere. Nucleic Acids Res 55 (2027). DOI: 10.1093/nar/gkag1042;Kanehisa M, Goto S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res 2000. DOI: 10.1093/nar/28.1.27(官网列出的其他引用见 kegg1.html)。