社会网络与生物网络中的社团结构
Community structure in social and biological networks
Girvan M, Newman MEJ
提出按边介数反复删边的分裂式社团发现算法，在人工网络、空手道俱乐部和食物网等数据上找到了有意义的社团。
Methods & Research Practice
计算方法与研究规范
网络分析的一般流程与工具、研究问题的提出、可复现计算、敏感性分析，以及结果呈现与研究前沿。
Topics专题
网络分析流程与 NetworkX 实践
Network analysis workflow with NetworkX
从提出问题、读入与清洗数据、选择工具，到指标计算、零模型比较、可视化与报告，用 NetworkX 完成一次完整的网络分析
研究问题、可复现分析与敏感性分析
Research questions, reproducibility and sensitivity analysis
怎样提出可回答的网络研究问题，做到可复算，并用敏感性分析和替代解释检验结论是否稳健
Code代码示例
读入边表、按置信度过滤并取最大连通分支网络分析流程与 NetworkX 实践
基本拓扑指标、度分布与中心性排名网络分析流程与 NetworkX 实践
社团发现、模块度与结果稳定性网络分析流程与 NetworkX 实践
与 ER 随机图和保度随机化零模型比较网络分析流程与 NetworkX 实践
格式互转——边表、邻接矩阵、稀疏矩阵、GraphML 与 JSON 的往返检查网络分析流程与 NetworkX 实践
五个常见计算陷阱——自环、重边、孤立点、有向性、权重的含义网络分析流程与 NetworkX 实践
大规模网络的计算策略——稀疏矩阵、近似介数与抽样偏倚网络分析流程与 NetworkX 实践
布局算法比较与布局质量的定量检查网络分析流程与 NetworkX 实践Papers论文精读
网络基序：复杂网络的简单构件
Network motifs: simple building blocks of complex networks
Milo R, Shen-Orr S, Itzkovitz S, Kashtan N, Chklovskii D, Alon U
把“在真实网络中出现次数显著多于随机网络的小子图”定义为网络基序，发现不同领域的网络各有特征性基序。
酵母蛋白质相互作用网络中动态组织的模块性证据
Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein–protein interaction network
Han J-DJ, Bertin N, Hao T, Goldberg DS, Berriz GF, Zhang LV, et al.
结合共表达把酵母互作组枢纽分为 party hub 与 date hub，提出动态组织的模块性。
经验数据中的幂律分布
Power-law distributions in empirical data
Clauset A, Shalizi CR, Newman MEJ
提出最大似然拟合、KS 选下界、自助法检验与似然比比较的幂律分析流程，并重新检验了 24 个数据集。
脑连接的复杂网络指标：用法与解读
Complex network measures of brain connectivity: uses and interpretations
Rubinov M, Sporns O
按神经科学含义整理脑网络常用图论指标及其解读，并发布 Brain Connectivity Toolbox。
Data & tools数据与软件
软件/工具包Nilearn用于神经影像统计分析与机器学习的 Python 库。软件/工具包BrainNet Viewer绘制脑网络节点、边与皮层表面的 MATLAB 可视化工具。软件/工具包neuromaps收集、转换并比较脑图谱的 Python 工具箱，含空间置换零模型。软件/工具包qgraph绘制与估计心理测量网络的 R 包。软件/工具包bootnet估计心理网络并用自助法评估边与中心性稳定性的 R 包。软件/工具包NetworkComparisonTest（NCT）用置换检验比较两组网络结构的 R 包。软件/工具包NetworkXPython 中最常用的通用网络创建、分析与可视化库。软件/工具包igraph以 C 为核心、提供 R 与 Python 接口的高效网络分析库。软件/工具包graph-tool以 C++ 实现核心算法的高性能 Python 网络分析库。软件/工具包Cytoscape生物网络可视化与分析的开源桌面平台，有丰富插件生态。软件/工具包Gephi开源交互式网络可视化与探索软件。数据集SNAP 大型网络数据集斯坦福大学整理的大型真实网络数据集合。数据库Netzschleudergraph-tool 作者维护的网络数据目录与仓库。软件/工具包PyTorch Geometric（PyG）基于 PyTorch 的图神经网络库。