研究问题、可复现分析与敏感性分析05 / 16
数据与代码共享
FAIR 原则
Wilkinson 等（2016）提出的 FAIR 原则要求科研数据（及其元数据）可发现（Findable）、可访问（Accessible）、可互操作（Interoperable）、可重用（Reusable）。这些原则面向人和机器两类使用者，强调的是元数据和标识符，而不是“必须完全公开”。
| 原则 | 要点 | 网络研究中的做法 |
|---|---|---|
| 可发现 | 数据有全局唯一、持久的标识符（如 DOI）；有丰富的元数据并被索引 | 把处理后的网络（边列表、邻接矩阵）存入 Zenodo、Figshare、OSF 等可分配 DOI 的存储库 |
| 可访问 | 通过标准协议按标识符获取；即使数据不可再获取，元数据仍保留 | 受控数据写明申请途径；元数据和代码公开 |
| 可互操作 | 使用通用的格式、词表和本体 | 基因用 Entrez/Ensembl/UniProt ID 并注明版本；脑区用标准图谱名称；影像数据采用 BIDS 结构（Gorgolewski 等 2016） |
| 可重用 | 有清楚的许可、详细的来源说明、符合领域标准 | 写明数据许可、处理步骤、节点与边的定义和单位 |
许可
没有许可声明的代码，在多数法律体系下他人并不能合法地复用。Morin 等（2012）为科研程序员总结了软件许可的基本知识。常见的选择：
- 代码：MIT、BSD（宽松，允许闭源再利用）；GPL（要求衍生作品以相同许可开源）。
- 数据与文本：CC BY 4.0（要求署名）；CC0（放弃权利，便于整合进数据库）。
- 上游数据的约束：网络数据常常由多个数据库派生，派生数据的共享受上游许可约束。例如部分数据库仅限非商业使用或需要注册，再分发前要核对其条款；做不到再分发时，共享生成数据的代码和下载说明。
软件本身也应被引用：Smith 等（2016）提出的软件引用原则建议在参考文献中引用所用软件（尽量引用带版本的存档 DOI）。
数据可用性声明与敏感数据
多数期刊要求“数据可用性声明”（data availability statement）和代码可用性声明。一个好的声明应说明：数据存放在哪里（链接或 DOI）、在什么条件下可获取、哪些数据因隐私或协议不能公开以及申请途径。“数据可向通讯作者合理索取”这种写法的实际可获得性很低（参见上文 Stodden 等 2018 的结果），应尽量避免。
患者数据的网络并非“去标识化”就安全。个体水平的连接组、个体症状时间序列或罕见基因型组合都可能被再识别。共享这类数据要遵守伦理审批和数据使用协议；常见的折中方案是共享组水平的相关矩阵或网络、合成数据，或通过受控访问平台共享。
共享相关矩阵即可复算的例子：Fried 等（2018）在四个创伤后应激障碍临床样本的网络研究中，公开了代码、模型输出和各样本的相关矩阵，使正则化偏相关网络可以在不接触个体数据的情况下被完全复算。对基于高斯图模型的症状网络，相关矩阵加样本量就是充分的输入；这一做法值得在涉及隐私的研究中借鉴。