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neuromaps

收集、转换并比较脑图谱的 Python 工具箱,含空间置换零模型。

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领域:脑网络与连接组 · 计算方法与研究规范 相关专题:脑连接组:结构与功能连接、研究问题、可复现分析与敏感性分析

适合的研究问题

检验脑网络指标的空间分布是否与受体密度、基因表达、代谢等图谱相关,并用保留空间自相关的零模型评估显著性。

数据类型

Python 包,附带数十种来自已发表研究的脑图谱(annotations),以及不同表面与体积空间之间的转换功能。

获取方式

按官方文档安装(部分功能需要 Connectome Workbench);用 neuromaps.datasets.fetch_annotation 下载图谱。

访问限制与许可

各图谱有各自的许可与引用要求,使用前须查看;代码许可以仓库说明为准。

相关工具与格式

Python、Connectome Workbench、netneurotools、BrainSMASH

引用要求

Markello RD, et al. neuromaps: structural and functional interpretation of brain maps. Nat Methods 2022. DOI: 10.1038/s41592-022-01625-w;并引用所用图谱的原始文献。