生物医学网络科学Biomedical Network Science

STRING

整合实验、数据库、共表达与文本挖掘证据的蛋白功能关联网络。

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领域:分子网络与基因调控 · 网络医学与药物网络 相关专题:生物分子网络与拓扑特征、疾病模块、网络邻近度与药物重定位

适合的研究问题

为一组基因构建 PPI 网络并做功能富集;筛选高置信度互作用于疾病模块或网络邻近度分析。

数据类型

当前版本覆盖 12,535 个物种的蛋白,每条关联附各证据通道的置信度评分。

获取方式

网页查询;REST API;按物种下载全部互作文件;Cytoscape stringApp。

访问限制与许可

CC BY 4.0,须注明 STRING 并说明所做修改。

相关工具与格式

Cytoscape(stringApp)、igraph、NetworkX、STRINGdb(R)

引用要求

Szklarczyk D, et al. The STRING database in 2025: protein networks with directionality of regulation. Nucleic Acids Res 2025. DOI: 10.1093/nar/gkae1113。