生物医学网络科学Biomedical Network Science

GTEx(基因型–组织表达项目)

人体多组织基因表达与表达数量性状位点(eQTL)资源。

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领域:分子网络与基因调控 · 网络医学与药物网络 相关专题:基因调控网络推断与共表达分析、疾病模块、网络邻近度与药物重定位

适合的研究问题

构建组织特异的共表达网络;把疾病模块或 PPI 网络限定在相关组织表达的基因上;研究遗传变异对表达的影响。

数据类型

来自多名逝世捐献者数十种组织的 RNA-seq 表达量、eQTL/sQTL 等汇总结果。

获取方式

门户网站浏览与下载开放数据;API。原始测序数据、基因型和详细表型须经 dbGaP 申请,在 AnVIL 中访问。

访问限制与许可

开放数据可直接下载;受保护数据须获批 dbGaP 申请。

相关工具与格式

GTEx Portal、AnVIL/Terra、WGCNA

引用要求

The GTEx Consortium. The GTEx Consortium atlas of genetic regulatory effects across human tissues. Science 2020. DOI: 10.1126/science.aaz1776。