GTEx(基因型–组织表达项目)
人体多组织基因表达与表达数量性状位点(eQTL)资源。
领域:分子网络与基因调控 · 网络医学与药物网络 相关专题:基因调控网络推断与共表达分析、疾病模块、网络邻近度与药物重定位
| 适合的研究问题 | 构建组织特异的共表达网络;把疾病模块或 PPI 网络限定在相关组织表达的基因上;研究遗传变异对表达的影响。 |
|---|---|
| 数据类型 | 来自多名逝世捐献者数十种组织的 RNA-seq 表达量、eQTL/sQTL 等汇总结果。 |
| 获取方式 | 门户网站浏览与下载开放数据;API。原始测序数据、基因型和详细表型须经 dbGaP 申请,在 AnVIL 中访问。 |
| 访问限制与许可 | 开放数据可直接下载;受保护数据须获批 dbGaP 申请。 |
| 相关工具与格式 | GTEx Portal、AnVIL/Terra、WGCNA |
| 引用要求 | The GTEx Consortium. The GTEx Consortium atlas of genetic regulatory effects across human tissues. Science 2020. DOI: 10.1126/science.aaz1776。 |