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WGCNA

加权基因共表达网络分析的 R 包。

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领域:分子网络与基因调控 相关专题:基因调控网络推断与共表达分析、社团结构与社区发现

适合的研究问题

从表达矩阵识别共表达模块,计算模块特征基因并与临床性状关联,筛选模块内枢纽基因。

数据类型

R 包(CRAN),含软阈值选择、拓扑重叠矩阵(TOM)、层次聚类与模块检测等函数。

获取方式

install.packages(“WGCNA”)(部分依赖来自 Bioconductor)

访问限制与许可

GPL(≥2)。

相关工具与格式

R、Bioconductor、Cytoscape(导出网络)

引用要求

Langfelder P, Horvath S. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis. BMC Bioinformatics 2008. DOI: 10.1186/1471-2105-9-559。