生物医学网络科学Biomedical Network Science

Hetionet

整合 29 个数据库的药物–基因–疾病异质知识网络。

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领域:网络医学与药物网络 · 分子网络与基因调控 相关专题:疾病模块、网络邻近度与药物重定位

适合的研究问题

在异质网络上用元路径方法预测药物适应证;练习知识图谱查询与药物重定位分析。

数据类型

v1.0 含 47,031 个节点(11 类)和 2,250,197 条边(24 类)。

获取方式

GitHub(https://github.com/hetio/hetionet )下载 JSON、Neo4j、TSV 格式;在线 Neo4j 浏览器 https://neo4j.het.io/browser/ 。

访问限制与许可

原创内容为 CC0;整合的各上游资源许可不同,边属性中标注 license 字段。

相关工具与格式

Neo4j(Cypher)、hetmatpy、NetworkX

引用要求

Himmelstein DS, et al. Systematic integration of biomedical knowledge prioritizes drugs for repurposing. eLife 2017. DOI: 10.7554/eLife.26726。