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TRRUST v2

文献挖掘加人工整理的人与小鼠转录调控关系数据库。

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领域:分子网络与基因调控 相关专题:生物分子网络与拓扑特征、基因调控网络推断与共表达分析

适合的研究问题

构建转录因子–靶基因有向网络,分析网络基序(如前馈环);为调控网络推断结果提供参考。

数据类型

人类 8,444 条调控关系(800 个转录因子),小鼠 6,552 条,部分标注激活或抑制。

获取方式

官网下载 TSV 文件。

访问限制与许可

CC BY-SA 4.0。

相关工具与格式

NetworkX、igraph、Cytoscape

引用要求

Han H, et al. TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Res 2018. DOI: 10.1093/nar/gkx1013。