| 适合的研究问题 | 从 bulk 或单细胞表达矩阵推断转录因子到靶基因的有向调控边，并按重要性排序。 |
|---|---|
| 数据类型 | GENIE3 为 Bioconductor R 包；arboreto 是 Python 实现，提供 GENIE3 与更快的 GRNBoost2，支持 Dask 并行。 |
| 获取方式 | R：BiocManager::install(“GENIE3”)；Python：pip install arboreto（GitHub：https://github.com/aertslab/arboreto）。 |
| 访问限制与许可 | arboreto 为 BSD-3-Clause；GENIE3 许可见 Bioconductor 页面。 |
| 相关工具与格式 | Bioconductor、Dask、pySCENIC、BEELINE |
| 引用要求 | GENIE3：Huynh-Thu VA, et al. PLoS One 2010. DOI: 10.1371/journal.pone.0012776；arboreto/GRNBoost2：Moerman T, et al. Bioinformatics 2019. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty916。 |