药物–靶点网络与网络药理学

网络的构成

药物–靶点–疾病网络是一个异质网络（heterogeneous network）：

把“药物–靶点”二分网络投影到药物一侧，得到共享靶点的药物网络；投影到靶点一侧，得到被同一药物作用的靶点网络（人类疾病网络用的是同样的二分投影方法）。

从“一药一靶”到网络药理学

Yildirim 等（2007，Nature Biotechnology）分析当时 FDA 批准药物的药物–靶点网络，发现新药大多作用于已被其他药物作用过的靶点，呈现明显的“跟进”趋势；许多药物的靶点并不是疾病基因本身，而是在网络上与疾病基因相隔一段距离，更多起缓解症状而非纠正病因的作用。

Hopkins（2008，Nature Chemical Biology）提出网络药理学（network pharmacology）：药物的疗效和副作用常来自同时作用多个靶点；对稳健的生物网络（见网络可控性与稳定性），单靶点抑制往往被冗余通路代偿，而合理设计的多靶点作用可能更有效。网络视角下：

• 疗效：药物靶点与疾病模块的网络邻近程度；
• 副作用：药物靶点与其他疾病模块或关键生理通路的邻近程度；
• 药物组合：两种药物的靶点模块之间以及它们与疾病模块之间的相对位置（见药物组合的网络构型）。