生物医学网络科学Biomedical Network Science
小世界与无标度网络模型10 / 17

演化网络的扩展模型

阅读
约 3 分钟

BA 模型只有“加节点、按度连边”两个动作。真实网络还会在已有节点之间加边、删除节点、随时间加速增长,节点也会“老化”。每加入一种过程,度指数都会以可计算的方式改变。下面的结果都可用与 BA 模型相同的平均场方法得到(主要推导见数学推导与算法)。

初始吸引力

纯优先连接下,度为 0 的节点永远得不到连接,这与“没被引用过的新论文也会被首次引用”不符。加一个常数: Π(k)∝A+k,\Pi(k)\propto A+k , AA 称为初始吸引力。结果是 γ=3+A/m\gamma=3+A/m:初始吸引力削弱了优先连接,使网络更均匀;同时在小度区产生一段“饱和”,度分布不再是纯幂律,而是 pk∼(k+A)−γp_k\sim(k+A)^{-\gamma} 形式的平移幂律。Barabási 书中用 2007–2008 年发表论文的引用数据估计 AA 约为 7。有向的 Price 引文模型中,相应结果为 γ=2+A/m\gamma=2+A/m(mm 为每篇论文的平均参考文献数,见 Newman《Networks》)。

内部连边

在很多网络中,大部分新边出现在已有节点之间(新的合作发生在已发表过论文的学者之间)。设每步除新节点带来的 mm 条边外,还在已有节点间加 nn 条内部边:

  • 双优先连接(两端都按度选择):γ=2+mm+2n\gamma=2+\dfrac{m}{m+2n},介于 2 与 3 之间。枢纽之间互相连接,使网络更异质。
  • 随机内部边(两端均匀选择):γ=3+2nm≥3\gamma=3+\dfrac{2n}{m}\ge3,网络更均匀。

节点删除

节点会消失:网页被删除,物种灭绝,蛋白随基因丢失而消失。Moore、Ghoshal 与 Newman(2006)给出了带随机删点的优先连接模型的精确解:只要网络净增长,度分布仍是幂律,但指数随删点速率增大而升高;当删点速率趋近加点速率时,指数无界增大。他们据此推测,真实网络中较小的度指数反映了“加得远比删得快”的快速增长阶段。有些网络中节点几乎无法被真正删除:被撤稿的论文仍会继续被引用。

加速增长

多数模型假设平均度不随时间变化,即边数与节点数成正比。但一些网络在增长中越来越稠密(例如代谢网络中代谢物的平均度随代谢物数目增加)。设新节点带来的边数随时间增长,m(t)=m0tθm(t)=m_0t^{\theta}(0≤θ<10\le\theta<1),则 γ=3+2θ1−θ=3−θ1−θ.\gamma=3+\frac{2\theta}{1-\theta}=\frac{3-\theta}{1-\theta}. 加速增长使网络更均匀;θ→1\theta\to1 时指数发散,平均度随时间线性增长,网络失去无标度性(Dorogovtsev 与 Mendes 2001)。

老化

演员会退休,论文会过时,节点吸引连接的能力随年龄衰减。常用的写法是 Π(ki,t−ti)∝ki(t−ti)−ν.\Pi(k_i,t-t_i)\propto k_i\,(t-t_i)^{-\nu}. Dorogovtsev 与 Mendes(2000)的分析表明:ν<0\nu<0(越老越吸引人)时优先连接被加强,度指数降到 3 以下,极端情况下所有新节点都连向最老的节点;0<ν<10<\nu<1 时网络仍是无标度的,但 γ>3\gamma>3;ν>1\nu>1 时老节点很快“退场”,网络失去无标度性,变得类似于一串新节点之间的链式结构。

小结:机制与度指数

机制(在 BA 模型基础上) 度指数 γ\gamma 效果
线性优先连接(BA) 3 基准
初始吸引力 Π∝A+k\Pi\propto A+k 3+A/m3+A/m 更均匀,小度区饱和
双优先内部边(每步 nn 条) 2+m/(m+2n)2+m/(m+2n) 更异质
随机内部边(每步 nn 条) 3+2n/m3+2n/m 更均匀
复制模型(直连概率 pp,每步一边) (3−p)/(1−p)(3-p)/(1-p) 更均匀
加速增长 m∝tθm\propto t^{\theta} (3−θ)/(1−θ)(3-\theta)/(1-\theta) 更均匀
适应度(均匀分布) ≈2.255\approx2.255(带对数修正) 更异质,后来者可反超
亚线性优先连接 α<1\alpha<1 无(拉伸指数) 枢纽受限
超线性优先连接 α>1\alpha>1 无(凝聚) 中心–辐条

这张表说明了两件事。第一,γ\gamma 本身不能告诉你是哪个机制:许多不同的过程组合都可以给出同一个指数。第二,真实网络的度分布偏离纯幂律几乎是必然的:初始吸引力造成小度饱和,老化与容量限制造成大度截断,非线性造成弯曲。Barabási《Network Science》第 4 章用一个统一的形式描述这些偏离:小度区饱和、大度区指数截断的幂律 pk∼(k+ksat)−γe−k/kcutp_k\sim(k+k_{\text{sat}})^{-\gamma}e^{-k/k_{\text{cut}}};第 6 章再把饱和与截断分别对应到初始吸引力、亚线性优先连接、老化等具体机制。他也指出,小度区饱和几乎不影响无标度网络的主要性质,真正改变动力学的是限制 ⟨k2⟩\langle k^2\rangle 发散的大度截断。