谱类中心性:特征向量、Katz、PageRank 与 HITS
度中心性只数一步邻居。一个自然的推广是:被重要节点连接的节点更重要。这一递归思想把中心性写成邻接矩阵的特征向量或线性方程的解,统称谱类中心性。它们的共同数学基础是: 计数长度为 的途径,各种谱类中心性就是对不同长度的途径按不同方式加权求和。
特征向量中心性
特征向量中心性(eigenvector centrality;Bonacich 1987 系统化):节点得分正比于邻居得分之和, 取最大特征值 对应的特征向量。
对连通无向网络,Perron–Frobenius 定理保证 是单重的、对应特征向量所有分量为正,因此排名唯一。从任意正初值出发做幂迭代 ,结果收敛到 ,这说明特征向量中心性就是“很长的途径从哪里出发最多”。收敛速度由 决定。
算例:星形图(中心 + 4 叶)的 ;设叶子得分为 、中心为 ,则 、,中心与叶子之比为 。
两个局限:(1) 有向网络中,只有能被强连通核心“到达”的节点得分为正,没有入边或只位于无环部分的节点得分为 0(代码示例中,不在环上的 3 个节点得分全为 0);(2) 在含有极大枢纽的网络中,特征向量可能局域化在枢纽及其邻居上,其他节点得分几乎为 0、无法区分(Martin、Zhang 与 Newman 2014)。
Katz 中心性
Katz(1953)给每个节点一个“免费”的基础得分 ,并让长途径的贡献按 衰减:
级数收敛要求 。 时排序趋于(入)度, 时趋于特征向量中心性,因此 Katz 中心性是二者之间的连续插值,并解决了有向无环部分得分为 0 的问题。 的选择会改变排序,常取 的某个比例并报告敏感性。
PageRank
Katz 中心性中,一个出度很大的节点会把它的“全部”得分传给每个邻居。PageRank(Brin 与 Page 1998)让每个节点把得分按出度平分给邻居,并以概率 随机跳转到任意节点:
它就是“随机冲浪者”马尔可夫链的平稳分布:以概率 (阻尼因子,常取 0.85)沿随机一条出边走,以概率 随机跳到任意节点。随机跳转保证了链的不可约与非周期,平稳分布唯一。出度为 0 的“悬挂节点”需要特殊处理,通常让它以均匀概率跳转。
在无向连通网络上,若 (无随机跳转),随机游走的平稳分布恰好是 ,PageRank 退化为度; 时二者也高度相关(空手道网络中 Spearman 秩相关约 0.98)。因此在无向 PPI 或共表达网络上“用 PageRank 找关键基因”,所得排名与度相差不大,额外信息主要来自所加的先验(个性化跳转向量)。PageRank 的真正优势在有向网络,或跳转向量携带外部信息(种子基因、表达变化)的场合,例如 GeneRank(Morrison 等 2005)和网络传播类的疾病基因优先排序。
HITS:枢纽值与权威值
在有向网络中,“指向很多重要节点”和“被很多重要节点指向”是两种不同的重要性。Kleinberg(1999)的 HITS 算法为每个节点定义两个得分:权威值(authority) 是指向它的枢纽值之和,枢纽值(hub score) 是它指向的权威值之和:
的元素是两个节点共同的“上游”数(共引), 是共同的“下游”数(共被引)。在转录调控网络中,调控大量重要靶基因的转录因子枢纽值高,被多个关键转录因子共同调控的基因权威值高。
子图中心性
Estrada 与 Rodríguez-Velázquez(2005)的子图中心性
计数从
出发又回到
的闭合途径,长度为
的途径以
加权。它衡量节点参与局部稠密子结构(三角形、小团)的程度,BCT 中为
subgraph_centrality。