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网络结构指标与随机图09 / 19

谱类中心性:特征向量、Katz、PageRank 与 HITS

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度中心性只数一步邻居。一个自然的推广是:被重要节点连接的节点更重要。这一递归思想把中心性写成邻接矩阵的特征向量或线性方程的解,统称谱类中心性。它们的共同数学基础是:(At)ij(A^t)_{ij} 计数长度为 tt 的途径,各种谱类中心性就是对不同长度的途径按不同方式加权求和。

特征向量中心性

特征向量中心性(eigenvector centrality;Bonacich 1987 系统化):节点得分正比于邻居得分之和, xi=1λ1∑jAijxj,A𝒙=λ1𝒙,x_i=\frac{1}{\lambda_1}\sum_jA_{ij}x_j,\qquad A\mathbf x=\lambda_1\mathbf x, 取最大特征值 λ1\lambda_1 对应的特征向量。

对连通无向网络,Perron–Frobenius 定理保证 λ1\lambda_1 是单重的、对应特征向量所有分量为正,因此排名唯一。从任意正初值出发做幂迭代 𝒙←A𝒙/∥A𝒙∥\mathbf x\leftarrow A\mathbf x/\|A\mathbf x\|,结果收敛到 𝒙\mathbf x,这说明特征向量中心性就是“很长的途径从哪里出发最多”。收敛速度由 |λ2/λ1||\lambda_2/\lambda_1| 决定。

算例:星形图(中心 + 4 叶)的 λ1=4=2\lambda_1=\sqrt4=2;设叶子得分为 xx、中心为 yy,则 2y=4x2y=4x、2x=y2x=y,中心与叶子之比为 N−1=2\sqrt{N-1}=2。

两个局限:(1) 有向网络中,只有能被强连通核心“到达”的节点得分为正,没有入边或只位于无环部分的节点得分为 0(代码示例中,不在环上的 3 个节点得分全为 0);(2) 在含有极大枢纽的网络中,特征向量可能局域化在枢纽及其邻居上,其他节点得分几乎为 0、无法区分(Martin、Zhang 与 Newman 2014)。

Katz 中心性

Katz(1953)给每个节点一个“免费”的基础得分 β\beta,并让长途径的贡献按 α\alpha 衰减:

xi=α∑jAjixj+β⇒𝒙=β(I−αA⊤)−1𝟏=β∑t=0∞αt(A⊤)t𝟏.x_i=\alpha\sum_jA_{ji}x_j+\beta \quad\Longrightarrow\quad \mathbf x=\beta\,(I-\alpha A^{\top})^{-1}\mathbf 1=\beta\sum_{t=0}^{\infty}\alpha^t(A^{\top})^t\mathbf 1 .

级数收敛要求 0<α<1/λ10<\alpha<1/\lambda_1。α→0\alpha\to0 时排序趋于(入)度,α→1/λ1\alpha\to1/\lambda_1 时趋于特征向量中心性,因此 Katz 中心性是二者之间的连续插值,并解决了有向无环部分得分为 0 的问题。α\alpha 的选择会改变排序,常取 1/λ11/\lambda_1 的某个比例并报告敏感性。

PageRank

Katz 中心性中,一个出度很大的节点会把它的“全部”得分传给每个邻居。PageRank(Brin 与 Page 1998)让每个节点把得分按出度平分给邻居,并以概率 1−d1-d 随机跳转到任意节点:

xi=d∑jAjikjoutxj+1−dN.x_i=d\sum_j\frac{A_{ji}}{k_j^{\text{out}}}x_j+\frac{1-d}{N}.

它就是“随机冲浪者”马尔可夫链的平稳分布:以概率 dd(阻尼因子,常取 0.85)沿随机一条出边走,以概率 1−d1-d 随机跳到任意节点。随机跳转保证了链的不可约与非周期,平稳分布唯一。出度为 0 的“悬挂节点”需要特殊处理,通常让它以均匀概率跳转。

在无向连通网络上,若 d=1d=1(无随机跳转),随机游走的平稳分布恰好是 ki/2Mk_i/2M,PageRank 退化为度;d<1d<1 时二者也高度相关(空手道网络中 Spearman 秩相关约 0.98)。因此在无向 PPI 或共表达网络上“用 PageRank 找关键基因”,所得排名与度相差不大,额外信息主要来自所加的先验(个性化跳转向量)。PageRank 的真正优势在有向网络,或跳转向量携带外部信息(种子基因、表达变化)的场合,例如 GeneRank(Morrison 等 2005)和网络传播类的疾病基因优先排序。

HITS:枢纽值与权威值

在有向网络中,“指向很多重要节点”和“被很多重要节点指向”是两种不同的重要性。Kleinberg(1999)的 HITS 算法为每个节点定义两个得分:权威值(authority)aia_i 是指向它的枢纽值之和,枢纽值(hub score)hih_i 是它指向的权威值之和:

𝒂=A⊤𝒉,𝒉=A𝒂⇒A⊤A𝒂=λ𝒂,AA⊤𝒉=λ𝒉.\mathbf a=A^{\top}\mathbf h,\quad \mathbf h=A\mathbf a \quad\Longrightarrow\quad A^{\top}A\,\mathbf a=\lambda\mathbf a,\quad AA^{\top}\mathbf h=\lambda\mathbf h .

A⊤AA^{\top}A 的元素是两个节点共同的“上游”数(共引),AA⊤AA^{\top} 是共同的“下游”数(共被引)。在转录调控网络中,调控大量重要靶基因的转录因子枢纽值高,被多个关键转录因子共同调控的基因权威值高。

子图中心性

Estrada 与 Rodríguez-Velázquez(2005)的子图中心性 SCi=(eA)ii=∑t(At)ii/t!SC_i=(e^{A})_{ii}=\sum_t (A^t)_{ii}/t! 计数从 ii 出发又回到 ii 的闭合途径,长度为 tt 的途径以 1/t!1/t! 加权。它衡量节点参与局部稠密子结构(三角形、小团)的程度,BCT 中为 subgraph_centrality。