驱动节点与网络结构
Liu 等(2011)分析了基因调控、食物网、代谢、神经元、互联网、社交等多类真实网络,以及模型网络,得到几条重要结论:
- 驱动节点倾向于避开枢纽。直觉上应该控制连接最多的节点,但实际上驱动节点多为低度节点:枢纽能把信号传给许多邻居,但“一个输入只能独立控制一条路径”,枢纽的多个下游中只有一个能与它匹配。
- 驱动节点比例 主要由度分布决定。用随机打乱连边(保持度序列)的网络计算的 与原网络接近,说明度分布是主要决定因素。
- 网络越稀疏、度越异质,越难控制。平均度越高,越容易找到覆盖更多节点的匹配, 越小(对 ER 网络,平均度较大时 近似按 衰减);入度或出度分布越不均匀, 越大。
- 基因调控网络的 相对较高,社交网络等稠密网络较低。
控制的鲁棒性:边的分类。删除一条边后:
- 关键边(critical):必须增加驱动节点数才能维持控制;
- 冗余边(redundant):驱动节点集合不受影响;
- 普通边(ordinary):驱动节点集合会改变,但数目不变。
节点在控制中的角色。由于存在多个最小驱动节点集(minimum driver node set, MDS):
- 关键节点:出现在所有 MDS 中(如没有入边的节点必须被直接驱动);
- 普通(间歇)节点:只出现在部分 MDS 中;
- 冗余节点:不出现在任何 MDS 中。
Jia 等(2013,Nature Communications)进一步发现了控制模式的双峰性:一些网络属于集中控制(少数节点承担控制,冗余节点比例高),另一些属于分布式控制(控制可通过大量不同的节点配置实现),同一类模型网络在平均度变化时会在两种模式之间突然切换。
驱动节点从哪里来:控制轮廓
Ruths 与 Ruths(2014,Science)把驱动节点按“为什么需要它”分为三类:
- 源节点(source):没有入边,必须直接驱动,个数 ;
- 外部扩张(external dilation):汇节点(没有出边)多于源节点时,每个源节点只能“带”一个汇节点,多出的汇节点需要额外输入,个数 , 为汇节点数;
- 内部扩张(internal dilation):网络内部某处的路径必须分叉(某个子集的出边多于入边)所需的额外输入,个数 。
三者之比 称为网络的控制轮廓(control profile)。他们发现真实网络大体落在三类:神经与社交网络以源节点为主;食物网、航空网络以内部扩张为主;转录调控网络和信任层级网络以外部扩张为主(大量下游靶基因是汇节点);常用的随机网络模型都不能复现真实网络的控制轮廓。对基因调控网络 偏高这一现象,控制轮廓给出了结构解释:许多靶基因只接受调控、不调控别人。
边动力学:把状态放在边上
在社交或通信网络中,节点可以沿不同出边发出不同的信息,状态更适合定义在边上。Nepusz 与 Vicsek(2012,Nature Physics)的“交换机动力学”(switchboard dynamics)中,节点 把入边上的信号线性映射到出边上。此时最少驱动节点由一个简单规则给出:选出所有发散节点(出度大于入度),再从每个“平衡分支”(全部节点出度等于入度的连通分支)中任选一个节点。结论与节点动力学相反:驱动节点偏好出度大的枢纽,度异质的网络反而更容易控制;入度与出度的正相关提高边动力学的可控性,而自环只改善节点动力学的可控性。这再次说明,“哪些节点重要”首先取决于把什么当作状态变量。
秀丽隐杆线虫(C. elegans)的 302 个神经元连接组几乎完全已知。Yan 等(2017,Nature)把网络控制原理应用于该连接组,预测哪些神经元对运动控制是必需的;对预测的神经元进行激光消融,实验验证了其中部分预测(包括此前未知功能的神经元)。这是网络可控性理论在生物系统中少见的实验检验。值得注意的是,作者使用的是“目标可控性”(只控制与运动相关的肌肉),而非控制全部节点。
结构上需要的驱动节点 ≠ 生物医学中可操作的干预靶点。 最小输入定理回答的是:在线性动力学、边权相互独立的假设下,要把全部节点驱动到任意状态,至少需要多少个独立输入、可以放在哪里。把驱动节点直接当作药物靶点,会忽略以下差别:
- 控制目标不同:治疗通常只要求把少数致病相关分子从疾病态推向健康态,远弱于“控制任意状态”;这对应目标控制(Gao 等 2014)和线虫研究中的目标可控性(Yan 等 2017)。
- 集合不唯一且偏大:驱动节点集合不唯一,只有数目唯一;在稀疏、异质的生物网络中驱动节点比例较高,常给出过多候选(例如 Zhang 等(2023)分析的癌症网络中,一个控制方案就包含 44.3% 的基因,见驱动节点的枚举、分类与自适应控制)。
- 可操作性另需证据:能否被药物作用要与药物–靶点数据匹配(如“可药物化控制核心点”),有向边的方向与符号在生物网络中常常不确定,线性近似只在平衡点附近成立。
- 代价未计入:结构可控只说明能控,不说明控制能量;仅控制少数驱动节点所需能量可能随网络规模急剧增加(Yan 等 2012)。
因此,驱动节点分析给出的是结构意义上的候选,转化为干预靶点还需要控制目标的重新定义、可药物化筛选与实验验证。