社团的基本假设与形式化定义
Barabási《Network Science》第 9 章用四条“假设”串起社团发现的逻辑。它们不是定理,而是各类方法赖以成立的前提,理解它们有助于看清每种方法“默认了什么”。
四条基本假设
- H1 基本假设(fundamental hypothesis):网络的社团结构唯一地蕴含在其连边图中,原则上只用邻接矩阵 就能把它找出来。
- H2 连通与密度假设(connectedness and density hypothesis):社团是局部稠密的连通子图——社团内任意两个节点之间应能只经由社团内部节点到达。
- H3 随机假设(random hypothesis):随机网络没有内在的社团结构;判断一个划分“好”,要与同样度序列的随机网络比较。
- H4 最大模块度假设(maximal modularity hypothesis):对给定网络,模块度最大的划分对应最优的社团结构。
H1 让社团发现成为纯粹的图论问题;但在生物医学数据中,节点注释(基因功能、脑区位置)与网络之外的信息常常被用来“检验”社团,这实际上偏离了 H1——网络结构与外部注释可以不一致(Peel 等 2017)。H2 是 Leiden 算法相对 Louvain 的改进动机。H3 是模块度零模型的出发点,也是可检测性阈值讨论的起点。H4 则被分辨率极限和模块度平台所质疑,这也是随机块模型和 Infomap 等方法出现的原因之一。
由严到宽的几种社团定义
记子图 中节点 的内度 (连向 内部的边数)和外度 (连向 外部的边数)。
| 定义 | 条件 | 说明 |
|---|---|---|
| 团(clique) | 是完全子图 | 最严格;在真实网络中很少有大团,且团内节点地位完全对称 |
| 强社团(strong community) | 对每个 , | 每个成员“更忠于”本社团(Radicchi 等 2004) |
| 弱社团(weak community) | 只要求社团整体的内部连接多于外部连接 |
每个团都是强社团,每个强社团都是弱社团,反之不成立。以上是局部定义:只看子图自身和它的边界。模块度、随机块模型等则是全局定义:社团是整个划分的一部分,好坏由全网的质量函数或似然决定。
社团不一定“内部稠密”
“内部稠密、外部稀疏”的同配(assortative)结构只是众多分块结构中的一种。二分网络(如药物–靶点网络)中,同类节点之间没有边,组之间才有边,是典型的异配(disassortative)结构;核心–边缘结构中,核心节点彼此相连并连接边缘节点,而边缘节点之间很少相连。模块度只奖励同配结构,而随机块模型可以同时描述这几类结构。在把“社团”一词用于某个生物网络之前,先想清楚要找的是哪一种结构。
划分数目:为什么不能穷举
最简单的社团问题是图二分(graph bisection):把 个节点分成两个等大的组,使两组之间的边数(割,cut size)最小。等大二分的方式有 种(由 Stirling 公式得到)。若不限定组数和组的大小, 个节点的全部划分数是 Bell 数 ,满足递推 ,并有 Dobinski 公式 。Bell 数增长得比任何指数函数都快:,,(代码示例)。
计算复杂性:模块度最大化是 NP 难问题(Brandes 等 2008)。因此所有实用的模块度算法都是启发式的,只能保证得到“好的”而非“最优的”划分。只有在十几个节点以内的网络上,才能穷举全部 种划分求得精确最优。
手算例:4 个节点的路径 1–2–3–4(,度为 1,2,2,1)。 种划分中, 的模块度为 ; 为 。可以逐一验证, 是 15 种划分中模块度最大的。
描述性方法与推断性方法
Peixoto(2023)把社团发现方法区分为两类:描述性方法(如模块度最大化)给出一个满足某种准则的划分,回答“这个网络可以怎样被概括”;推断性方法(如贝叶斯随机块模型)假设网络由某个含分组的生成过程产生,回答“哪种分组最可能产生了这个网络、证据有多强”。两者问的是不同问题:描述性方法在随机网络中也会“找到”社团(见下页),推断性方法则会在证据不足时报告“没有结构”。选择方法前应先明确研究问题属于哪一类。