合成致死与癌症治疗
合成致死(synthetic lethality):两个基因各自失活时细胞存活,同时失活时细胞死亡。若肿瘤细胞已经失去基因 A(如抑癌基因突变),抑制 A 的合成致死伙伴 B 就能选择性杀死肿瘤细胞,而保留 A 正常的正常细胞(Kaelin 2005,Nature Reviews Cancer)。遗传相互作用网络以基因为节点,以合成致死或更广义的“双突变表型偏离单突变预期”为边。
网络视角
合成致死是冗余的直接后果:两条平行通路、一对同工酶或重复基因,任何一个都能完成功能,两个都失去才致死。在酵母中,Tong 等(2004,Science)把 132 个查询基因的突变与约 4700 个存活缺失株杂交,得到约 1000 个基因、约 4000 个相互作用的遗传相互作用网络;Costanzo 等(2010,Science)把规模扩大到检测约 540 万个基因对、覆盖约 75% 的基因。Kelley 与 Ideker(2005,Nature Biotechnology)把遗传相互作用与物理相互作用网络结合,发现约 40% 的已知遗传相互作用可以用“通路内”或“通路间”模型解释,而且“通路间”模型(两条并行通路各中一刀)解释力更强——这与本专题“平行路径提供冗余”的图景一致。
从概念到临床:PARP 抑制剂
BRCA1/BRCA2 参与同源重组修复 DNA 双链断裂,PARP 参与单链断裂的修复。Farmer 等(2005,Nature)与 Bryant 等(2005,Nature)同期报道:BRCA 功能缺陷的细胞对 PARP 抑制极为敏感——PARP 被抑制后,未修复的单链损伤在复制时变成双链断裂,而 BRCA 缺陷细胞无法修复。PARP 抑制剂是首批按合成致死原理设计并获临床批准的药物(Lord 与 Ashworth 2017,Science),这一综述也讨论了耐药与联合用药的挑战。
计算预测
人类细胞中系统检测所有基因对不现实,计算方法因此重要。Jerby-Arnon 等(2014,Cell)提出数据驱动的流程(DAISY),从大规模癌症基因组数据中推断合成致死对(如果两个基因很少同时失活、且一个失活时另一个的必需性上升,就可能构成合成致死对),并实验验证了抑癌基因 VHL 的部分预测伙伴。网络方法(通路冗余、模块间关系)、代谢模型(成对反应敲除)与 CRISPR 组合筛选正在互相补充。
把合成致死放回鲁棒性框架:单个肿瘤驱动突变相当于对细胞网络的一次“攻击”,肿瘤依赖剩余的冗余通路维持存活;合成致死疗法则是“第二次精准攻击”,利用的正是肿瘤已经失去冗余这一点。Barabási 第 8 章、Kitano(2004)关于“鲁棒而脆弱”的论述为这一思路提供了系统层面的解释。多靶点药物与网络药理学中的药物组合也可以从同一角度理解。