生物医学网络科学Biomedical Network Science
度相关性与网络结构的高阶统计08 / 13

聚集谱 C(k) 与层次模块性

阅读
约 2 分钟

三点相关

knn(k)k_{nn}(k) 是两点相关。更高一阶的统计是:度为 kk 的节点的两个邻居之间是否相连。聚集谱(clustering spectrum)C(k)C(k) 是度为 kk 的节点局部聚集系数的平均。它对应条件概率 P(k(1),k(2)∣k)P(k^{(1)},k^{(2)}\mid k) 与“两个邻居相连”的概率,是三点相关的一个压缩。对无相关的稀疏随机网络,C(k)C(k) 与 kk 无关,近似为 (⟨k2⟩−⟨k⟩)2/(⟨k⟩3N)(\langle k^2\rangle-\langle k\rangle)^2/(\langle k\rangle^3N)。

层次模块网络

Ravasz 等(2002, Science)分析了 43 种生物的代谢网络,发现它们由许多小而紧密的模块逐级组合成更大、更松散的单元,聚集系数随度按幂律下降;在大肠杆菌中,这种层次模块与已知代谢功能有较好的对应。Ravasz 与 Barabási(2003, PRE)用一个确定性的层次模型说明这一结构:从 5 个节点的完全图出发,每一步复制 4 份,把副本的最外围节点连到原始中心节点。这样生成的网络同时具有:

  • 无标度度分布;
  • 与网络规模无关的高平均聚集系数;
  • C(k)∼k−1C(k)\sim k^{-1}:低度节点处在小而紧密的模块内,邻居彼此相连;枢纽连接许多彼此不相连的模块。

BA 模型与 ER 模型的 C(k)C(k) 都近似与 kk 无关,因此 C(k)C(k) 的负斜率被用作层次模块性的一个信号。代码示例“聚集谱”中,3 层迭代的层次网络(625 个节点)平均聚集系数 0.82,log⁡C(k)\log C(k) 对 log⁡k\log k 的斜率约 −1.1-1.1;同规模 BA 网络斜率约 −0.1-0.1。

解读时的注意点

  1. 度相关会影响 C(k)C(k):高度节点的可能三角形数量受其邻居度的限制。Soffer 与 Vázquez(2005, PRE)指出,在异配网络中高度节点的邻居多为低度节点,C(k)C(k) 会因度相关而系统性下降;他们提出用“邻居之间实际可能的最大边数”而非 k(k−1)/2k(k-1)/2 作分母的修正聚集系数。
  2. C(k)C(k) 下降是必要而非充分条件:许多没有层次模块的机制(例如空间嵌入、几何随机图、某些复制-分化模型)也能产生下降的 C(k)C(k)。要支持“层次模块”,还应直接检验模块的嵌套结构(见社团结构与社区发现)。
  3. 相关网络:基于相关阈值化的网络因相关的传递性本身就有高聚集(Zalesky 等, 2012),C(k)C(k) 的形状受阈值强烈影响。