生物医学网络科学Biomedical Network Science
网络上的传播与免疫05 / 17

配对近似、边基模型与消息传递

阅读
约 4 分钟

HMF 有两个关键缺陷:(1)它把同一度类的节点看成可互换的,丢掉了具体拓扑;(2)它忽略了相邻节点状态之间的动态相关——例如在 SIR 中,感染我的那个邻居不可能再被我感染,HMF 只能用剩余度中的“−1”粗略修正。这一页介绍三类更精确的方法,它们是 Kiss、Miller 与 Simon(2017)《Mathematics of Epidemics on Networks》的主体内容。

配对近似

思路:除了单个节点的计数 [S],[I][S],[I],还跟踪成对计数 [SI][SI](S–I 边的数目)、[SS][SS] 等。以 SIR 为例,设每条 S–I 边上的传播速率为 τ\tau,恢复率为 γ\gamma:

d[S]dt=−τ[SI],d[I]dt=τ[SI]−γ[I],\frac{d[S]}{dt}=-\tau[SI],\qquad \frac{d[I]}{dt}=\tau[SI]-\gamma[I],

d[SI]dt=τ([SSI]−[ISI]−[SI])−γ[SI],d[SS]dt=−2τ[SSI].\frac{d[SI]}{dt}=\tau\big([SSI]-[ISI]-[SI]\big)-\gamma[SI],\qquad \frac{d[SS]}{dt}=-2\tau[SSI].

这里 [SSI][SSI] 是三元组(S–S–I 的路径)计数:中间的 S 被右边的 I 感染后,左边的 S–S 边变成 S–I 边;[ISI][ISI] 是中间的 S 被另一侧 I 感染时,这条 S–I 边变成 I–I 边。方程不封闭(成对的方程需要三元组),必须矩封闭(moment closure)。在每个节点度都为 nn 的网络上,最常用的闭合是

[ABC]≈n−1n[AB][BC][B].[ABC]\approx\frac{n-1}{n}\,\frac{[AB][BC]}{[B]} .

含义:已知中间节点是 BB,它两侧邻居的状态近似独立;因子 (n−1)/n(n-1)/n 修正“同一个节点的 nn 条边中已经用掉了一条”。Keeling(1999,Proc R Soc B)在闭合中再加入聚集系数 ϕ\phi 的修正项,使三角形内的重复接触被计入,得到“聚集降低增长率”的定量结果。配对近似简单、可推广到聚集网络,但闭合是启发式的,对重尾度分布不够准确。

边基仓室模型(EBCM)

Volz(2008,J Math Biol)以及 Miller、Slim 与 Volz(2012,J R Soc Interface)提出了对配置模型上 SIR 精确(在 N→∞N\to\infty 极限下)而且只有一个方程的描述。关键变量是

θ(t)=一条随机选出的边,到时刻 t 为止还没有把感染从邻居传到“我”这里的概率.\theta(t)=\text{一条随机选出的边,到时刻 } t \text{ 为止还没有把感染从邻居传到“我”这里的概率}.

一个度为 kk 的节点在时刻 tt 仍易感,当且仅当它的 kk 条边都还没传来感染,概率为 θk\theta^k;对度分布平均,S(t)=ψ(θ)S(t)=\psi(\theta),ψ(x)=∑kP(k)xk\psi(x)=\sum_kP(k)x^k 是度分布的生成函数。θ\theta 满足

dθdt=−βθ+βψ′(θ)ψ′(1)+γ(1−θ),dRdt=γI,I=1−S−R.\frac{d\theta}{dt}=-\beta\theta+\beta\frac{\psi'(\theta)}{\psi'(1)}+\gamma(1-\theta),\qquad \frac{dR}{dt}=\gamma I,\qquad I=1-S-R .

推导要点:1−θ1-\theta 可分解为“邻居尚未感染”“邻居已感染但还没传过来”“已经传过来”“邻居已恢复而没传过来”几部分,其中“邻居尚未感染”的概率是邻居的其余 k′−1k'-1 条边都没传来感染,即 ψ′(θ)/ψ′(1)\psi'(\theta)/\psi'(1)。代码示例“边基仓室模型与精确随机模拟的比较”显示,在 5000 个节点的配置模型上,EBCM 的感染曲线与事件驱动随机模拟的平均曲线几乎重合,而同参数的均匀混合 ODE 把最终规模从约 0.61 高估到 0.93(代码)。

消息传递

消息传递(message passing,也称置信传播或腔方法)为每条有向边定义一个消息。对 SIR 的最终规模(Karrer 与 Newman 2010,PRE;更早的配置模型版本见 Newman 2002),记 ui←ju_{i\leftarrow j} 为“去掉节点 ii 后,jj 不被大暴发感染”的概率,则

ui←j=1−T+T∏l∈∂j\iuj←l,P(i被感染)=1−∏j∈∂iui←j.u_{i\leftarrow j}=1-T+T\prod_{l\in\partial j\setminus i}u_{j\leftarrow l},\qquad P(i\ \text{被感染})=1-\prod_{j\in\partial i}u_{i\leftarrow j}.

第一式的含义:边 j→ij\to i 要么不通(概率 1−T1-T),要么通了但 jj 本身没有从除 ii 以外的邻居处被感染。“除 ii 以外”正是消除回声(echo chamber)的关键:在 HMF 和 QMF 中,ii 感染 jj、jj 再“把感染算回给” ii 的虚假反馈被错误地计入了。

在 u≡1u\equiv1(无病态)附近线性化,得到 δ=TBδ\delta=T B\,\delta,其中 BB 是非回溯矩阵(non-backtracking 或 Hashimoto 矩阵):

B(k→l),(i→j)=δjk(1−δil),B_{(k\to l),(i\to j)}=\delta_{jk}\,(1-\delta_{il}),

即从有向边 i→ji\to j 只能走到 j→lj\to l 且 l≠il\neq i。于是 SIR 阈值为 Tc=1/ρ(B)T_c=1/\rho(B)。

  • 在局部树状的网络上,消息传递对最终规模与阈值是精确的;有短环(三角形)时是近似,但通常仍优于 HMF 与 QMF。
  • 对配置模型,ρ(B)≈(⟨k2⟩−⟨k⟩)/⟨k⟩\rho(B)\approx(\langle k^2\rangle-\langle k\rangle)/\langle k\rangle,回到 HMF 的 SIR 阈值。
  • BB 有 2m2m 行,直接构造代价高;Ihara–Bass 恒等式表明 ρ(B)\rho(B) 等于 2N×2N2N\times2N 矩阵 (AI−DI0)\begin{pmatrix}A & I-D\\ I & 0\end{pmatrix} 的最大特征值(DD 为度对角阵),代码示例正是这样计算的。
  • 非回溯矩阵的特征向量不像 AA 那样在枢纽周围局域化,因此也被用于社团发现与关键节点识别(影响力最大化与关键传播者中的集体影响)。

动态消息传递进一步给出每个节点随时间的感染概率(Lokhov 等 2014 把它用于传播溯源)。对一般的二元状态动力学(包括阈值模型),Gleeson(2011,PRL)的近似主方程(AME)按“度 kk、已感染邻居数 mm”跟踪节点比例,精度很高,代价是变量数约为 kmax⁡2/2k_{\max}^2/2。

方法 适用 优点 局限
HMF 无度相关的大网络 解析、直观 忽略拓扑与动态相关
QMF / NIMFA 任意给定网络(SIS) 只需最大特征值 局域化时高估流行,忽略动态相关
配对近似 规则或近规则、含聚集的网络 能纳入聚集 闭合是启发式的
EBCM 配置模型上的 SIR 低维、在大 NN 极限精确 依赖配置模型假设
消息传递 给定稀疏网络上的 SIR / 渗流 树上精确,可算个体风险 SIS 处理困难;短环多时有偏
AME 二元状态动力学(含阈值模型) 精度高 变量多,需度分布与无相关假设